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  西电高琳教授团队在Science子刊及领域著名期刊发表成果           ★★★ 【字体:  
西电高琳教授团队在Science子刊及领域著名期刊发表成果
作者:佚名    论文发表来源:本站原创    点击数:    更新时间:2021/5/3    

  了一张集成基因收集作为拓扑骨架CytoTalk算法起首建立,胞间基因彼此感化包罗细胞内和细。络中在网,即细胞特同性基因活性)节点权重定义为奖励(,个基因间彼此感化概率)边权重定义为价格(即两。ze-collecting Steiner forest通过在该赋权集成收集中求解奖励-收集斯坦纳丛林(pri,细胞类型间的信号转导收集PCSF)问题来识别两种。成收集中找到一个最优子网PCSF问题的方针是在集,与高活性配体-受体对慎密联系关系的基因包含具有高程度细胞类型特同性表达和。rt微信公家号的关心和报道该项研究颁发后遭到BioA:

  Clustering by Integrating Pathways”的第一作者博士生张晨星为论文“Improving Single-Cell RNA-seq ,胞在生物通路层面的特征能够显著提高单细胞聚类机能该论文为单细胞聚类研究供给了全新的概念:集成细。总量以万亿计人体中细胞,型更是不可胜数包含的细胞类。胞类型是领会人类健康以及诊断全面系统地识别出人体所有的细,疾病的根本监测和医治。几年近,生高质量的转录组数据单细胞测序手艺不竭产,成为识别细胞类型最主要的一环对单细胞转录组数据进行聚类。而然,仍然面对精确性差单细胞聚类方式,高档问题鲁棒性不。

  成和评估框架sciPath该论文设想了一套系统性的集,通路消息的方式包含集成生物,类精确性和鲁棒性的目标和一系列评价单细胞聚。法在集成生物通路消息前后的机能该框架比力了现有单细胞聚类方,更无效且不变的细胞类型信号发觉生物通路消息能够供给。时同,对提拔聚类结果的影响进行会商研究者对生物通路消息的冗余。

  networks using single-cell transcriptomic data”对准范畴内主要科学问题论文“CytoTalk: De novo construction of signal transduction ,号转导收集的新算法CytoTalk开辟了一种从头建立细胞类型特同性信。悉据,络模子的生物医学数据模式发觉方式理论及使用高琳传授团队自2003年起重点研究基于网,络建模研究根本具有较强的网。此因,工作中在该项,细胞转录组数据研究人员操纵单,图论中斯坦纳丛林问题求解将信号收集揣度问题转化为。于已知的信号通路正文消息CytoTalk不依赖,织和分歧细胞类型间的异质机能够描绘信号收集在分歧组,情况中的细胞间通信新机制无望揭示健康组织或肿瘤微。

  日近,年教师胡宇轩(华山菁英副传授)和博士生张晨星别离以西电为第一单元在Science子刊《Science Advances》(IF=13.1西安电子科技大学计较机科学与手艺学院西安市计较生物消息学重点尝试室高琳传授团队在单细胞组学数据模式挖掘范畴颁发2篇主要研究功效:团队青,n Bioinformatics》(IF=8.99中科院一区)及范畴出名期刊《Briefings i,)颁发论文中科院一区,ications》后又一NS子刊研究功效这是该团队继《Nature Commun。

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